ZOA startte haar werk in Zuid-Sudan in 1998 onder gemeenschappen in rebellengebieden. Meer dan twintig jaar oorlog leidde tot een absoluut gebrek aan basisvoorzieningen en structuren. In januari 2005 kwam officieel een einde aan het conflict. De inwoners van Zuid-Sudan hebben zwaar geleden onder de oorlog, maar steeds meer mensen raken nu gemotiveerd om te werken aan de wederopbouw van het land.
Veel mensen moeten in hun gemeenschappen ook terugkerende vluchtelingen opvangen. In de gebieden waar ZOA werkt, zijn zo'n 40.000 mensen in de afgelopen jaren teruggekeerd naar hun eigen gebied. ZOA werkt in de centrale en westelijke provincies aan het opzetten van structuren van gezondheidszorg en basisonderwijs. Maar ook aan het versterken van de gemeenschap en van de overheidssystemen.
Mensen hebben veel meer hoop gekregen na de formele vredesovereenkomst in januari 2005. Het proces om een semi-autonome regering in het zuiden op gang te krijgen kost veel tijd en geeft ook de nodige fricties. De mensen hebben lange tijd geleden onder vele ontberingen. Een groot aantal mensen wil nu dan ook snel verbeteringen in hun situatie zien. Dat geeft spanningen onder etnische groepen die menen te weinig te profiteren van ontwikkelingsprojecten. Het is voor ZOA-staf een uitdaging om in die situatie tactvol op te treden. De situatie in Zuid-Sudan is onveilig. Een belangrijke oorzaak daarvan is dat er losse rebellengroepen van de oorspronkelijk Ugandese Lord's Resistance Army door de regio zwerven.
